いいえ、控除証明書の期限は切れておりませんのでご安心ください。

エラーの原因は、証明書に付いている「商業登記電子証明書*」の有効期限切れです。
この証明書は、会社の登記情報に基づいて発行されるもので、控除証明書を作成した時点で有効なものを付けています。

発行日時点で有効な「商業登記電子証明書」が付いていれば、控除証明書として問題がないことを国税庁にも確認済みです。

年末調整ソフトでエラーが表示される場合は、ソフトの仕様によるものですので、勤務先の年末調整担当者にご確認ください。

*「商業登記電子証明書」とは商業登記に基づく電子証明書です。登記所が管理する登記情報に基づき、会社・法人の代表者等に対して発行するものです。