はい。できます。
自賠責保険証明書を紙（郵送）とメール（電子）の両方でご希望の場合は、「お手続き内容の入力」画面の「送付対象・送付先の指定」エリアで「郵送を希望する」をご選択のうえ、「メール送付を希望する」にもチェックを入れて、申請してください。